Taxas e tarifas das operadoras

Existem taxas que incidem sobre o valor da venda, essas taxas variam de bandeira para bandeira, mesmo quando efetuadas na mesma operadora, complicando ainda mais o controle das taxas cobradas.
As tarifas são cobradas por serviços prestados pela operadora de cartões como aluguel das maquinas POS e/ou PinPAD.
Ou seja , olhando o extrato final da operadora, com certeza o valor não baterá com o total de vendas realizadas.

Estornos (chargebacks)

Pode acontecer do cliente não reconhecer uma compra, mesmo que a compra tenha sido efetuada usando cartão com chip e senha, e também, infelizmente, existem fraudes, nesses casos a operadora estornará o valor da venda.
É importante ficar atento pois todos os estornos devem ter um motivo formalizado e devem ser registrados, para que a loja adote medidas e políticas para evitar essas situações.

Lançamentos não realizados

Eventualmente pode acontecer da operadora não realizar o pagamento de uma venda.
Isso pode acontecer pelo cancelamento da venda no próprio POS e PinPAD ou por uma falha operacional da operadora de cartões. Essas falhas podem acontecer devido às vendas com o mesmo valor para o mesmo cartão realizadas no mesmo período de tempo, ou devido ao não registro de uma venda pela operadora.
São algumas situações, normalmente exceções, que podem acontecer no recebimento de cartão e que são difíceis de prever. Mas, que geram prejuízos para sua empresa.
Dessa forma o primeiro passo para controlar melhor as vendas em cartão que não batem é saber o motivo desse problema. Só assim você será capaz de criar ações para evitar que esses problemas afetem o seu fechamento de caixa.